Quellensteuerpflichtige Personen, welche in einem Kalenderjahr mehr als CHF 120'000 Bruttoeinkünfte erzielen, werden für ihr Einkommen und Vermögen nachträglich veranlagt (§ 5 QStV). An den Steuerbetrag, der sich aufgrund der nachträglichen ordentlichen Veranlagung ergibt, ist gemäss § 112 Abs. 2 StG die an der Quelle abgezogene Steuer anzurechnen. Die Anrechnung erfolgt zinslos (§ 112 Abs. 2 StG). Der Grund liegt einerseits darin, dass sich die Fälligkeitstermine für die Quellensteuer und die im ordentlichen Verfahren entrichteten Steuern nicht decken, so dass sich hieraus unweigerlich Unterschiede ergeben. Andererseits wäre eine Verzinsung praktisch undurchführbar, weil den Steuerbehörden der Zeitpunkt, an dem der Steuerabzug vorgenommen wird, regelmässig nicht bekannt ist, da dieser mit dem für die Leistungsschuldner/innen geltenden Ablieferungstermin nicht identisch ist. Die Nichtverzinsung der abgezogenen Quellensteuer bedeutet keine ungerechtfertigte Diskriminierung gegenüber den von Anfang an dem ordentlichen Veranlagungsverfahren unterstehenden Steuerpflichtigen (Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, Harmonisierte kantonale Quellensteuerordnung, S. 40 ff.).
Die Quellensteuerbeträge werden von der Dienststelle Steuern, Quellensteuer, quartalsweise an die anspruchsberechtigten Gemeinden überwiesen (inklusive Bundessteueranteil). Weil ausschliesslich vereinnahmte Quellensteuern weitergeleitet werden, ergibt sich insbesondere am Ende des Steuerjahres eine zeitliche Verzögerung bis ins erste Quartal des Folgejahres.
Eine Rechnungsstellung an solche Personen soll erst erfolgen, wenn sämtliche für das Steuerjahr vorgenommenen Abzüge an der Quelle berücksichtigt bzw. von der Abteilung Quellensteuer überwiesen worden sind. Dies heisst, dass im Regelfall mit der Zustellung der Akonto-Rechnung bis zum April des auf das Steuerjahr folgenden Jahres zuzuwarten ist.
Ein Verzugszins darf nur berechnet werden, sofern die abgezogene Steuer die in Rechnung gestellte ordentliche Steuer nicht deckt und dieser Betrag nicht innert 30 Tagen bezahlt wird.